医疗期结束后劳动合同不续签可能存在以下法律风险：1.诉讼时效风险：若劳动者未在1年内申请劳动仲裁，可能因超过时效无法主张经济补偿。例如，医疗期结束后劳动合同于2023年1月到期，用人单位未支付经济补偿，劳动者直到2024年2月才申请仲裁，此时已超过1年时效，仲裁机构可能不予受理。2.证据链风险：缺乏用人单位不续签的书面通知或工资记录，可能导致无法证明用人单位的违法行为。例如，用人单位口头通知不续签，但未出具书面文件，劳动者难以举证，维权难度增加。
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关于医疗期结束后劳动合同不续签能否获得赔偿的问题，需结合具体情况判断。以下为您分析不同情形下的处理方式：医疗期结束后劳动合同不续签，是否能获得赔偿需根据具体情况确定。1.若用人单位主动提出不续签，且未维持或提高劳动合同约定条件：用人单位需向劳动者支付经济补偿。2.若用人单位维持或提高劳动合同约定条件，劳动者不同意续签：用人单位无需支付经济补偿。3.若劳动者主动提出不续签：用人单位无需支付经济补偿。
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根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，为您分析医疗期结束后劳动合同不续签的法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条第五项规定：“除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。”第四十四条第一项为“劳动合同期满的”。医疗期结束后劳动合同到期，若用人单位未维持或提高原合同条件而不续签，符合上述第四十六条第五项规定，应支付经济补偿；若用人单位维持或提高条件，劳动者不同意续签，则无需支付。因此，医疗期结束后劳动合同不续签能否获得赔偿，关键在于用人单位是否维持或提高约定条件及劳动者是否同意续签。
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医疗期结束后劳动合同不续签可能存在以下特殊情况或例外情形：1.劳动者在医疗期结束后仍无法胜任工作：若劳动者因身体原因无法从事原工作或用人单位另行安排的工作，用人单位解除劳动合同需支付经济补偿，但需提前30日通知或额外支付一个月工资。这种情况下，劳动合同不续签的处理方式与普通到期不续签不同，需结合解除原因判断。2.用人单位存在违法行为：如用人单位未依法为劳动者缴纳社保或拖欠工资，劳动者以此为由不续签劳动合同，可主张经济补偿。此时，不续签的原因是用人单位违法，劳动者有权获得赔偿。3.劳动合同为无固定期限：若劳动者符合签订无固定期限劳动合同条件，用人单位不续签需支付赔偿金（经济补偿的2倍）。例如，劳动者已连续签订两次固定期限劳动合同，医疗期结束后用人单位不续签，需支付赔偿金。

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